Pasos:
1. Crear un nuevo "Build System" desde la opción Tools > Build System > New Build System...
2. Reemplazar el código desplegado por el siguiente:
{ "cmd": ["node", "$file"], "selector": "source.js" }
3. Guardar los cambios con el siguiente nombre "Node.sublime-build" en la ruta por defecto.
4. Seleccionar el sistema creado nuevamente desde Tools > Build System > Node
5. Finalmente para ejecutar el código debemos seleccionar la opción Tools > Build (o presionar las techas Ctrl + B)